Dal 1 marzo 2021 tutti i pagamenti rivolti alle istituzioni scolastiche da parte di soggetti privati o da enti pubblici, per finalità non istituzionali, vengono effettuati utilizzando il sistema pagoPa (sistema nazionale per i pagamenti a favore della P.A.), adottato obbligatoriamente da tutte le pubbliche amministrazioni. Il sistema Mypay di intermediazione provinciale gestisce le attività di interconnessione al sistema Pagopa nazionale e permette di gestire le posizioni debitorie della PA che sono identificate da uno IUV, indice unico di versamento, identificativo delle operazioni che transitano su Pagopa.

I pagamenti possono essere di due tipologie: spontanei o con avviso di pagamento. La prima ipotesi ricorre quando la scuola non vanta un vero e proprio diritto di credito come nel caso delle erogazioni liberali. In una prima fase di sperimentazione questa tipologia di pagamento è stata utilizzata impropriamente per il pagamento delle attività integrative promosse dalla scuola (es. certificazioni linguistiche, uscite didattiche). Dal punto di vista procedurale la scuola invia alle famiglie le istruzioni dettagliate da seguirsi nella piattaforma Mypay per effettuare l’erogazione liberale.

I pagamenti con avviso ricorrono, invece, quando la scuola vanta un diritto di credito nei confronti di soggetti definiti e si hanno quindi tutti gli elementi per creare un avviso quali l’importo, il codice fiscale e il nominativo del soggetto pagante (es. richiesta di pagamento da inviare alla Camera di commercio per l’utilizzo di locali scolastici per l’attività concorsuale, i viaggi d’istruzione, le uscite didattiche e le certificazioni linguistiche). Tale tipologia comporta la creazione di un avviso da parte della scuola (direttamente in Sap o utilizzando la piattaforma Mypay) che verrà recapitato sulla posta elettronica dell’ente o delle famiglie e che potrà essere utilizzato presso uno sportello fisico per l’effettuazione del versamento. A breve per le scuole che adottano il registro elettronico provinciale (ISI) sarà possibile creare gli avvisi per le famiglie utilizzando le anagrafiche degli alunni con la creazione massiva degli avvisi di pagamento e l’aggancio degli stessi con il sistema di contabilità Sap.

Con il decreto del Ministero dell'Economia e delle finanze del 24 agosto 2020, n. 132, è entrato in vigore il regolamento che disciplina le cause che possono consentire il rifiuto delle fatture elettroniche da parte delle amministrazioni pubbliche.
Con decorrenza 6 novembre 2020 vengono previste cinque specifiche cause di rifiuto:

a) fattura riferita ad una operazione che non è stata posta in essere in favore della PA destinataria della trasmissione del documento
b) omessa o errata indicazione del Codice identificativo di Gara (CIG) o del Codice unico di Progetto (CUP), da riportare in fattura
c) omessa o errata indicazione del codice di repertorio per i dispositivi medici e per i farmaci
d) omessa o errata indicazione del codice di Autorizzazione all’Immissione in Commercio (AIC) e del corrispondente quantitativo da riportare in fattura per i farmaci
e) omessa o errata indicazione del numero e data della Determinazione Dirigenziale d’impegno di spesa per le fatture emesse nei confronti delle Regioni e degli enti locali.

Non è possibile rifiutare la fattura nei casi in cui gli elementi informativi possono essere corretti mediante le procedure di variazione di cui all'articolo 26 del D.P.R. n. 633 del 1972.

Alcuni esempi:

FATTURA	RIFIUTO	SOLUZIONE DA ADOTTARE
fattura emessa in regime di esenzione anziché con imponibilità iva	non ammesso	richiedere al fornitore l’emissione di una nota di credito che annulla la fattura errata e l’emissione di una nuova fattura corretta.
fattura che riporta un imponibile superiore all’ordine	non ammesso	richiedere al fornitore l’emissione di una nota di credito che annulla la fattura errata e l’emissione di una nuova fattura corretta.
fattura emessa senza indicazione dell’imposta di bollo dovuta	non ammesso	richiedere al fornitore la regolarizzazione in sede di versamento del bollo.
fattura emessa priva dell’indicazione degli estremi dell’ordine/contratto/convenzione	non ammesso	richiedere al fornitore l’emissione di una nota di credito che annulla la fattura errata e l’emissione di una nuova fattura corretta.
Fattura emessa con l’indicazione del codice S (split payment) nel campo dell’esigibilità IVA seppur non trattandosi di specifico regime fiscale o di lavoratore autonomo	non ammesso	richiedere al fornitore l’emissione di una nota di credito che annulla la fattura errata e l’emissione di una nuova fattura corretta.

Per rifiutare o accettare una fattura entro i 15 giorni dalla data di consegna si deve utilizzare apposito programma SGF. 
Per la gestione della nota di credito su Sap è possibile consultare la SCHEDA INFORMATIVA  relativa al Nucleo di Controllo, sezione DOCUMENTAZIONE- Schede tecniche operative .